ImageJ ImageJ_Updater ImageJApplet ImageLayout ImageListener ImageMath ImagePanel ImagePlus ImageProcessor ImageProperties ImageReader ImageRoi ImageStack ImageStatistics ImagesToStack ImageWindow Info (2012), "Fiji: an open-source platform for biological-image analysis", Nature methods 9(7): 676-682, PMID: 22743772, ImageJ や Fiji のようなソフトウェアの開発や保守のためには研究費が必要となります。多くの人に引用されていれば、研究費がとりやすくなりますし開発者のモチベーションにもつながります。積極的に引用しましょう。, また、Fijiに入っているプラグインの多くは引用すべき論文やurlなどもあります。お世話になったものは是非引用しましょう。, ImageJ の使い方については「ImageJで始める画像解析」という本が良書です。画像データの基本などの初心者向けの内容から入り、生物系の顕微鏡画像の具体的な定量解析や、有用なプラグインの活用法まで書いています。顕微鏡がある研究室には一冊置いておくべきだと思います。そこのあなた、ぜひボスにねだって買ってもらいましょう。できればこのブログのリンクから, *1:オープンソースと一口に言っても色々ライセンスの種類があるのですがそれは置いときます, 目次 目次 前回の記事 ImageJ で Python を動かそう の続き 3. Counting Cells with ImageJ by Kevin Foley 2013/09/10, たまたま検索でヒットした論文の図をお借りして、調べたい構造の面積をImageJを使って求めてみます。Fig.1Dに蛍光画像があるのでそれを出発材料にします。, まずは白黒にしましょう。ImageのメニューでImage, Type, 8-bitと選びます。, さて、蛍光標識された細胞内の構造物の大きさ（画像上の面積）の絶対的な数値を求めるのは困難でしょう。閾値の設定しだいでいくらでも面積が変わってきてしまいます（標識された部分と標識されていない部分の輝度に十分の差があればそこで区切れますが）。この3枚の写真が同じ撮影条件だったとして、一つの閾値を3枚に適用することにして、一番もっともらしいと主観で判断した閾値にしてみます。Image, Adjust, Threshold… としてスライダーで適当な値を選びました。, これでおのおのの「粒子」の面積を計算してみます。写真にラベルがあって邪魔なのでその部分は除いて計算します。そのためには解析したい範囲だけ四角いROIを設定します。Analyze, Set Measurements…でまず計算したいパラメータとしてAreaにチェックを入れて他は今は不要なので外しておきます。そして、Analyze, Analyze Particles…を選び、Size pixel^2):1-Infinity, Cirularity:0.00-1.00, Show:Masksとして、Display results, Clear results, Summarize, Include holesにはチェックをいれておきます。これでOKをクリックすれば、計算が行われます。ROIを次の写真に移動させて同様に計算していきましょう。, Controlの写真の解析結果は、Count:154,　Average Size:92.526となりました。Results（個々の粒子の面積のデータ）をResultsウインドウ上のメニューからFile, Save As…で保存しておきます。, Sam3の写真の解析結果は、Count:287, Average Size:165.491となりました。同様に、結果を保存します。, Sam18の写真の解析結果は、Count:202, Average Size:144.337となりました。これも結果を保存します。, この論文で具体的に蛍光写真からどうやって面積を計算したのかは読んでいないのでわかりませんが、まあだいたいの傾向は論文のグラフと合っているのでよしとしましょう。, ELLI-1, a novel germline protein, modulates RNAi activity and P-granule accumulation in Caenorhabditis elegans PLOS Genetics, 実験群と対照群に関して、何かの遺伝子発現の変化を、GFPリポーターを発現する細胞の蛍光写真で見比べて定量しようという実験がありがちだと思います。このような定量に関しては、蛍光写真撮影時に蛍光強度が飽和しないようなカメラの露光条件だったか（サンプルの蛍光強度と画像上の画素数が本当に比例するのか？ある明るさ以上は飽和してしまっていないか）、実験群と対照群の撮影条件は同一だったのか等のCRITICALなポイントが前提として存在します。そういったことがいい加減だと、ImageJで定量したつもりになっても、正しいデータ処理をしたことにはなりません。結果的に間違った結論を出す恐れがありますので注意が必要です。, 自分はスケールの写真を、サンプルを撮影したのと同じ条件（倍率）で撮影しておき、あとから画像の中の目盛りを長さを測るツールではかって算出しています。そしてその長さの長方形を画像に張り付けています（ROIをつくってカットするとバックグラウンドが白なら白く抜けるのでそれがスケールバーになる）。しかし、ピクセルと長さ（ミクロンなど）の関係をもとにスケールバーをつける機能がImageJに用意されています。, Analyze, Set Scale…を選びます。例えば20ミクロンが100ピクセルだとわかっていれば、Distance in pixels:100, Known distance: 20, Pixel aspect ratio:1, Unit of length: micronとします。すると、自動的に計算された結果として今の場合、Scale: 5 pixels/micronと表示されますので、OKをクリックします。, 次に、画像を開いた状態で、Analyze, Tools, Scale bar…を選びますと、パネルが出現しますので表示させたいスケールバーの長さを例えばWidth in micron: ２0, Height in pixels: 5, Color: White, Location:Lower Right などと選びOKをクリックします。すると画面右下に20ミクロンのスケールバーが表示されます。micronsとしていた単位は、写真に埋められたスケールバーにはギリシャ文字でμmと表示されました。, プレゼンテーションのスライド用なら数字と単位があったほうが便利でしょうから、これは便利な機能だと思います。Overlayがチェックされていなければスケールバーの長さを変更するとリアルタイムで反映されます。これでよしとなったら、Overlayにチェックを入れればよいでしょう。数字や単位を表示しないオプションは見当たりませんでした。, 研究においては大量の画像に対して同じ処理を適用するという作業が頻発することがあります。そのとき、ひとつひとつの画像に関して全て手作業で行うのはとても骨が折れますが、マクロを書いて一気に処理してしまうと楽ちんです。マクロを書くと言っても、ImageJにはマクロレコーダーという便利な機能がありますので、ゼロから自分で書く必要など全くなくて、マクロレコーダーをオンにした状態で自分がやりたい処理を一通りやってみて、マクロレコーダーが吐き出してくれるマクロをちょっと修正すれば良いのです。メニューから、Plugins, Macros, Record…と選べば、マクロレコーダーが起動します。プログラミングに苦手意識があって、マクロを使ったことがない人は若干敷居が高いと感じるかもしれませんが、一度使ってみればその便利さに驚き、手作業でやることがバカバカしくなること請け合いです。. ImageJ Fiji のインストールと Fiji - バイオ系だけどプ … Today's stem cell special: Small intestine on a plate! Fiji is supported on the following systems: 1. Role of aspirating system type in SARS-CoV-2 seropositivity among dental staff, Coal and COVID-19: How the pandemic is accelerating the end of fossil power generation, What happens in the mouth ... doesn't stay in the mouth, Immune response to insulin could identify, help treat those at risk for Type 1 Diabetes, Entomologist Esther Ngumbi receives 2021 AAAS Mani L. Bhaumik Award for Public Engagement with Science, Winner-takes-all synthetic gene circuit process opens new pathways to disease treatment. ョップは領収書も発行「中小企業向けビジネスソフト特集」 全品【請求書払い対応】 ImageJ / Fiji のダウンロード方法、インストール方法 … 2019 All Rights Reserved. …, Schindelin, J.; Arganda-Carreras, I. Process Menu e lÅ" k7e Q e R t Z ! AI researchers ask: What's going on inside the black box? Keck Foundation awards CSU $1 million to study rare sugars fundamental to biology.   fiji-win32-20110307.7z (日付: 2011-03-07, サイズ: 79.69 MB) fiji-nojre-20110307.zip (日付: 2011-03-07, サイズ: 59.58 MB) ダウンロードファイル一覧 Tourism mainly responsible for marine litter on Mediterranean beaches, WVU biologists uncover forests' unexpected role in climate change, Some types of coronavirus steal the hosts' genes to elude their immune system, Variable weather makes weeds harder to whack, New research reveals drivers of regionally different ozone responses to the COVID-19, Beyond secretion of insulin,the novel function of β cell in regulating glucose homeostasis, Shuffling bubbles reveal how liquid foams evolve, Technion researchers discover new pathway for attacking cancer cells, UTIA researchers work to improve eastern grasslands, SSRgenotyper: A new tool to digitally genotype simple sequence repeats, Nehandertals' gut microbiota and the bacteria helping our health, Researchers find a way to increase spatial resolution in brain activity visualization, Breakthrough in quantum photonics promises a new era in optical circuits, Climate change may have driven the emergence of SARS-CoV-2, Gilmore receives funding for postdoctoral fellowship program, Arctic stew: Understanding how high-latitude lakes respond to and affect climate change, Signs of burnout can be detected in sweat, Machine learning generates realistic genomes for imaginary humans, In-silico modelling helps with the integrated study of the intervertebral disc in health and disease, Tiny sensor technique reveals cellular forces involved in tissue generation, Non-teleost ray-finned fishes exhibit mosaic genomic features of lobe- and ray-finned fishes, Vegan diet better for weight loss and cholesterol control than Mediterranean diet, 'Runway Roadkill' rapidly increasing at airports across the world, UCC study finds, Study: 'Hidden' genes could be key in development of new antibiotics, Computer can determine whether you'll die from COVID, Birds living in natural habits can help inform captive care, Pangolin coronavirus could jump to humans, Study finds Americans went out more after face mask mandates, Study highlights risk of new SARS-CoV-2 mutations emerging during chronic infection, 'Hidden biological link' among autism genes revealed in study, Grape consumption may protect against UV damage to skin, W.M. How elephants evolved to become big and cancer-resistant, Imaging the first moments of a body plan emerging in the embryo, Emory MVA COVID-19 vaccine safe and effective in animal models, MARLIT, artificial intelligence against marine litter, Aarhus University, Denmark, heads large-scale joint Arctic efforts in the Danish Realm, Surprising new research: We're more like primitive fishes than once believed, A single-molecule guide to understanding chemical reactions better, New report explores effect of coffee through our daily sleep and wake cycles, New technique rapidly quantifies immune response following vaccination, DNA-based technique allows researchers to determine age of living beluga whales in Alaska, New study finds cage-free egg-laying hen mortality declines over time, New research to enhance air filtering in ambulances, Mysterious organic scum boosts chemical reaction efficiency, may reduce chemical waste, Scientists discover ocean 'surface slicks' are nurseries for diverse fishes, City, University of London academic tracks COVID-19 dark web marketplaces, Researchers probe protein's regulatory role to understand how it might fight cancer, Garlic and selenium increase stress resistance in carps, says a RUDN University biologist, Student awarded NIH Fellowship to examine balance, walking in children with cerebral palsy, New methods for exploring the 'dark matter' of biology, Role of cell cycle on analyzing telomerase activity with a fluorescence off-on system, Deadly white-nose syndrome changed genes in surviving bats, New guidance on how cardiac patients with diabetes can exercise more safely, Fossil pigments shed new light on vertebrate evolution, 48 finalists named for the 2021 Hertz Fellowships, Bone treatment startup raises $5.5 M in Series A financing, SARS-CoV-2 under the helium ion microscope for the first time, New eco-friendly technique protects rice plants against devastating fungal infection, Synthesized very-long-chain polyunsaturated fatty acids improved retinal function in mice, Bentham Science joins ORCID as member organization, COVID-19 vaccine from new vaccine platform effective in mice, 'Stealthy' stem cells better for treating tendon injuries in horses, Experimental vaccine blunts the deadliest of synthetic opioids, DECIDER to improve diagnostics and treatment of ovarian cancer with the help of AI, NUI Galway demonstrate the promise of precision genomics in cancer treatment, School gardens linked with kids eating more vegetables, Bernd Pulverer appointed Chief Editor of EMBO Reports, Battling bugs help solve mysteries of weapon evolution, Why banana candy doesn't taste like banana (video), Songbirds exposed to lead-contaminated water show telltale signs about human impacts, Facundo Batista appointed Chief Editor of The EMBO Journal, Ensuring healthy family mealtimes is important - and complicated, Nickel phosphide nanoparticle catalyst is the full package, CIC biomaGUNE explores the insides of tumours grown in smart three-dimensional scaffolds, Study reveals how air pollution may increase the risk of cardiovascular disease, Duration of antibody response varies among adults naturally reinfected with RSV, How blood and lymph vessels remain separated after development, Mast cells: Sentinels and high-speed messengers of the immune defense, Ultimately, beneficial fungi could be more effective than pesticides against nematodes, In symbiosis: Plants control the genetics of microbes, Dartmouth-invented technology allows doctors to see beam field during radiation treatment, View the Feb. 9 AAAS Kavli Science Journalism Awards ceremony, Best of both worlds: A hybrid method for tracking laparoscopic ultrasound transducers, Scripps Research and Tempus collaborate to study how individual blood sugar levels vary, UTA engineers develop programming technology to transform 2D materials into 3D shapes. How safe is the soil under our military bases? Basic Intensity Quantification with ImageJ, A Simple Method for Measuring Intracellular Fluorescence, Analyzing fluorescence microscopy images with ImageJ. 画像解析入門⑥ Image Jの基本画面とメニュー構成 前回までは、「ImageJ実習 – 2値化・領域抽出」をもとにImage Jで出来る機能についてご紹介しました。今回も引き続き、Image Jの機能について見ていきます！ How cells recycle the machinery that drives their motility? ョンとしての他、Javaアプレットとしても動作する。 What rules govern the structure of membraneless organelles? Windows XP, Vista, 7, 8 and 10 2. Currently you have JavaScript disabled. Expanded spina bifida guidelines cover care from newborn to adult, The pandemic lockdown leads to cleaner city air across Canada, Concordia paper reveals, From trash to treasure: Silicon waste finds new use in Li-ion batteries, Researchers identify a new molecular mechanism related to severe anaphylaxis, Researchers uncover hidden hunting tactics of wolves in Minnesota's Northwoods, New method for asymmetric N,N-acetal synthesis promises advances in drug development, Bats & pangolins in Southeast Asia harbour SARS-CoV-2-related coronaviruses, reveals new study, Shining a light on the true value of solar power, New "molecular" tool helps shed light on individual synapses in brain cells, Male sex, BMI, smoking and depression all increase biological age, 'Defective' carbon simplifies hydrogen peroxide production, Known tumour suppressor gene found essential for development, regeneration&stress-response, Biomaterials could mean better vaccines, virus-fighting surfaces, Drug is promising against pancreatic and breast cancers, Richness of plant species reduces the number of viral infections in meadows, New clues to how SARS-CoV-2 infects cells, Mixed and matched: Integrating metal-organic frameworks into polymers for CO2 separation, Study seeks to better understand how COVID-19 and cancer intersect, The genetic susceptibility of people with Down's syndrome to COVID-19, Bernese researchers create sophisticated lung-on-chip, Tiny crustacean redefines ultra-fast movement, Registration is open for ISSCR 2021 Virtual Annual Meeting June 21-26, All in the head? Image FLookup Tables FRed ! (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); ImageJは無料の画像処理ソフトです。マックでもウインドウズでもリナックスのOSでも使えて、研究で必要な画像処理が比較的簡単にできるので、バイオ研究者の間で非常によく使われています。自分も長年にわたり使ってきましたが、画像データを見直したり簡単な解析（特定の領域の平均輝度を取得するなど）を行うときには、Image Jを使うのが一番手軽で便利な方法だと思います。, 実際には、Image Jよりもさらに高機能なFijiを自分は使っています。Fijiは単にImageJそのもので(Fiji is just ImageJ)、プラグインが最初からたくさんくっついてくるだけです。Image Jは様々なデータ処理・データ解析のためにプラグインを入れることができますが、Fijiには最初からこれらのプラグインがてんこ盛りで入っていますので、いちいち後からインストールする手間がなくて良いです。顕微鏡メーカーやカメラメーカー独特の画像フォーマットでも、大抵の画像ファイルがFijiで開けてしまいます(Bio-Formatsを利用するなどして)。, ImageJは、https://imagej.nih.gov/ij/download.html からダウンロードできます。Fijiは、https://imagej.net/Fiji/Downloads からダウンロードできます。, アイデア次第でいろいろな画像処理がImageJでできますが、自分がよくやる画像処理をいくつか紹介します。, メニューからImage, Adjust, Threshold…を選びます。２つのスライダーを調節して、望む画像になるような閾値を探して決めましょう。今の場合、76－255としました。Applyボタンをクリックして適用します。, この画像を使って、ImageJでカラー画像を白黒にし、2値化して、粒子解析の機能を利用して、細胞の数を数えてみます。, メニューからFile, Open…として、ダウンロードしておいた目的の画像ファイルを開きます。, メニューからImage, Type, 8-bitと順に選びます。これで白黒画像に変更されました。, メニューからImage, Adjust, Threshold…を選びます。２つのスライダーを調節して、全ての細胞が分離できそうな閾値を探して決めましょう。今の場合、183－255としました。Applyボタンをクリックして適用します。, さてそれでは粒子解析 (Particle Analysis) の機能を使って、数を数えましょう。, 抽出された粒子（今の場合、赤血球）のパラメータとして何を知りたいかは、メニューからAnalyze, Set Measurements… とすることにより選択できます。パネルの中のAreaにチェックが入った状態にします。他は今はとりあえず不要です。ここで、写真の中の赤血球のだいたいの面積を知っておきましょう。メニュー上にあるROIの形（四角形や丸や不定形など）から丸（Oval)を選び、赤血球の一つがちょうど同じ大きさになるように合わせます。そして、Analyze, Measureと選ぶと、Resultsという名のウインドウ上に（みあたらなければ、メニューからWindow,Resultsと選ぶと、最前面に表示されます）Areaが表示されます。今の場合420という数値になりました。カーソルを細胞の上にあてると画素の値が出ますが、今やってみると、黒く表示されている赤血球の画素の値が０で、白いbackグランウンドの値が255でした。粒子を数えるときは値が255でないと困るので、ここでメニューからEdit, Invertを選び白黒を反転させます。, それではいよいよ粒子解析を行うため、Analyze, Analyze Particles…を選びます。粒子としてカウントするサイズをここで選ぶことができます。ここで粒子の面積のサイズが取りそうな範囲を適切に設定してやれば、画面上のノイズや目的外のものを除外できる可能性があります。さきほど赤血球の面積がおよそ400画素程度だったので、ここでは広めにとって、Size (pixel^2): 200-800　としておきましょうか。Circularityは全範囲にしておきます。明らかに丸っこいものしかないというのであれば、ここで強い条件（1に近い範囲）を設定してやれば、不定形のごみを区別して除くこともできます。あとは、Display results, Clear results, Summarize, Include holesにチェックを入れておきます。 Include holesというのは、赤血球の丸い形の真ん中が2値画像にしたときに抜けていても、その穴は埋めた状態として（つまり穴に見える部分の画素も細胞に属する画素として）考えてくれるということです。あと、Show:Masksを選んでおきます。粒子解析を実行した結果、マスク画像として以下が得られました。ここには、粒子としてカウントされたものが表示されています。たしかに「穴」も埋められていることがわかります。, さて、Summaryというウインドウに結果が表示されており、それを見るとCountが573、Average Size（粒子の面積の平均）が419.211となりました。つまり、赤血球の数がおよそ573個あって、それらの面積の平均は419画素だったというわけです。ちなみに、もとのカラー写真をみると白血球みたいなものも一つありましたが、この画像処理ではそれは無視されて赤血球と区別がつかなくなっているため、カウントされています。, こんなふうに細胞同士がくっついて見える写真で数を数えるにはどうすればいいのでしょうか？, メニューの欄からImage, Type, 8-bitと選び、まず白黒画像にします。, Image, Adjust, Threshold…で2値化します。スライダーをうごかして、できるだけ細胞がはっきり見えるように調整しました。細胞の画素が０で背景が255になっていたので、Edit, Invertで白黒を反転させます。, Process,Binary, Fill Holesで細胞の真ん中部分の「穴」を埋めます。まあ完全ではありませんが。これくらいなら、手作業で不完全に残った「穴」の開いた細胞を埋めてもいいかもしれません。, さて、この画像は結構細胞同士がくっついていますが、Process, Binary, Watershed により、無理やり分離させてみます。, 完全とはいいがたいですが、大半に関してくっついていた細胞が分離できています。これの画像に対して視野を覆うように円形のROIを適用してParticle Analysisを適用すれば、細胞数が数えられるでしょう。, Watershedの機能も用いて細胞を分離して、細胞数をカウントする方法を示したYOUTUBE動画があったので紹介しておきます。